Применение в медицине. Цветки. Настой (внутрь) - при заболеваниях желудочно-кишечного тракта, болезнях печени и желчевыводящих путей, метеоризме, спазмах желудка; в виде клизм - при колитах и геморрое; в виде полосканий - при воспалении десен, слизистых оболочек, ангинах; в виде примочек - при экземах, язвах, нарывах, ожогах рентгеновскими лучами; в виде припарок - при ревматизме, подагре, артритах, ушибах. Порошок в народной медицине - при мигрени; сок (внутрь) - при лечении гастритов, язвенной болезни желудка, при спазмах и болях в желудке и кишечнике, метеоризме, поносах, болезнях печени, желчного и мочевого пузыря, почечных коликах. Рекомендуется при повышенной кислотности желудочного сока. Принимаемый с медом и сливками на ночь вызывает крепкий сон. Наружно в виде полосканий - при ангине, для промывания глаз, ран, при потливости конечностей.
Ромашка аптечная входит в состав успокоительных, ветрогонных и мягчительных сборов.